Zotero, EndNote et Mendeley : ce que « Remove the Field Codes » supprime réellement

Parce qu’une liste de références est générée par une machine, formatée de façon identique et structurellement répétitive, ce qui fait croire qu’elle tire le pourcentage d’IA vers le haut. Ce n’est pas le cas, d’aucun des deux côtés du calcul. L’étape risquée consiste à convertir des citations actives en texte brut. Avant cela, identifiez l’objet Word utilisé par votre extension : Zotero documente des fields (champs) ou des bookmarks (signets), l’ancien plugin Mendeley les appelle Mendeley Fields, et Mendeley Cite les appelle content controls (contrôles de contenu). Ces objets ne partagent pas un seul chemin de suppression.

Le rapport d’écriture IA de Turnitin analyse ce que l’éditeur appelle le texte éligible, défini comme une prose rédigée en phrases grammaticales standard, les listes et autres structures non phrastiques en étant exclues. Une note de version datée du 9 août 2023 indique séparément que les bibliographies sont exclues lors du traitement du rapport. Une liste de références n’est donc ni au numérateur ni au dénominateur. La gonfler ne dilue rien ; la supprimer ne retire rien.

Si une bibliographie apparaît en couleur dans un rapport, vérifiez d’abord si vous avez affaire au Similarity Report plutôt qu’au rapport d’écriture IA. Le fait que des entrées de référence correspondent est exactement ce qu’un style de citation partagé est conçu pour produire. Trois articles couvrent ces branches : ce que les exclusions couvrent réellement, quel rapport vous avez entre les mains et le cas du rapport obsolète.

Le reste de cet article porte sur le logiciel, car c’est là qu’un flux de citation réversible peut devenir un fichier en texte brut.

Il ne s’agit pas d’une hypothèse ni d’une exigence de quelques revues seulement. Le Journal Article Publishing Support Center d’Elsevier y consacre une page permanente, mise à jour pour la dernière fois le 15 décembre 2022 :

« Reference manager software programs such as Mendeley, EndNote, or Zotero can be used to help manage references in scientific articles. While these programs are useful because citations from most databases can be exported to a Library, it can interfere with the production process. It is recommended that authors remove field codes before submission. » (Les logiciels de gestion de références tels que Mendeley, EndNote ou Zotero peuvent aider à gérer les références dans les articles scientifiques ; bien qu’ils soient utiles parce que les citations de la plupart des bases de données peuvent être exportées vers une Library, ils peuvent interférer avec le processus de production, et il est recommandé aux auteurs de retirer les codes de champ avant la soumission.)

La même page porte l’avertissement qui compte plus que la consigne :

« Once you remove all hidden codes, you can no longer reformat or unformat the citations (or access the Library) so always make a copy of your document before removing any codes. » (Une fois tous les codes cachés retirés, vous ne pouvez plus reformater ni déformater les citations, ni accéder à la Library ; faites donc toujours une copie de votre document avant de retirer le moindre code.)

Si un directeur, une rédaction ou un autre flux de travail demande un fichier aplati, traitez cela comme une demande de copie de livraison distincte et non comme une modification du maître de travail.

Ce sont les trois gestionnaires nommés par Elsevier, Mendeley comptant double parce qu’il livre deux extensions différentes. Lisez les deux dernières lignes ensemble. L’ancienne page nomme Mendeley Fields et dit que Export convertit l’intégralité du document en texte brut. La page plus récente appelle les citations et bibliographies content controls et prescrit Remove Content Control. Le type d’objet détermine quelle instruction du fournisseur s’applique.

La position de Clarivate sur le retour en arrière mérite d’être citée à part, parce que « irreversible » (irréversible, sans retour possible) est lu comme de la prudence marketing et ce n’en est pas :

« Field code removal is a one-way process. Once you've removed EndNote™ field codes, you will need to reinsert the citations or revert to a backup of the document that still has the field codes in it. » (Le retrait des codes de champ est un processus à sens unique. Une fois les codes de champ EndNote™ retirés, vous devrez réinsérer les citations ou revenir à une sauvegarde du document qui les contient encore.)

La voie manuelle d’Elsevier, sur la même page citée plus haut : tout sélectionner avec Ctrl+A, puis appuyer sur Ctrl+Shift+F9 « to unlink all fields and remove hidden links » (pour dissocier tous les champs et retirer les liens cachés). Clarivate publie sa propre voie manuelle, qui est Ctrl+A, puis Ctrl+6, puis copier et coller dans un nouveau document.

Cherchez maintenant cette combinaison de touches dans la documentation de Microsoft plutôt que dans un guide de bibliothèque. Sur la page des raccourcis clavier de Microsoft pour Word, l’entrée est ainsi libellée :

« Unlink a field. Ctrl+Shift+F9 »

et plus bas sur la même page, « Ctrl+Shift+F9: unlinks the current field. » (Ctrl+Shift+F9 dissocie le champ actuel.)

Un champ. Pas une citation. La référence des codes de champ de Microsoft liste séparément TOC, SEQ et REF comme champs. Cela signifie que la documentation ne donne pas à Ctrl+A suivi de Ctrl+Shift+F9 une limite limitée aux citations. Si ces objets sont présents dans votre sélection, la consigne publiée ne vous donne aucune raison de supposer qu’ils échappent à la portée de la commande. La mécanique est détaillée dans ce qu’est réellement un champ, et ce qu’un aller-retour en texte brut coûte à un long document.

La page de Mendeley Cite utilise un autre vocabulaire d’objet : elle appelle une citation ou une bibliographie un contrôle de contenu et vous dit de cliquer avec le bouton droit sur cet objet et de choisir Remove Content Control. La page des raccourcis de champ de Microsoft n’établit pas ce que Ctrl+Shift+F9 fait à cette extension ; utilisez donc la voie documentée par Mendeley plutôt que de traiter un raccourci de champ comme interchangeable.

Zotero ajoute une seconde option. Ses Document Preferences vous laissent choisir « Whether to store citations as Fields or Bookmarks » (si les citations doivent être enregistrées comme Fields ou comme Bookmarks), avec le conseil que, sauf si vous devez collaborer avec des utilisateurs de LibreOffice, « you should always choose Fields » (vous devriez toujours choisir Fields). Un raccourci d’affichage des champs peut inventorier les champs, mais sa documentation n’identifie pas pour vous les signets ni les contrôles de contenu.

Il existe un moyen gratuit, instantané et réversible de voir ce que contient réellement le fichier. Toujours de la même page Microsoft :

« Switch between all field codes and their results. Alt+F9 » (Basculer entre tous les codes de champ et leurs résultats. Alt+F9)

Appuyez dessus et Word bascule entre les codes de champ et leurs résultats affichés. Une table des matières peut révéler une instruction TOC, une numérotation une instruction SEQ et un renvoi une instruction REF. Si vos citations apparaissent aussi comme codes de champ, vous savez que des champs sont impliqués. Sinon, Alt+F9 seul ne vous dit pas s’il s’agit de signets, de contrôles de contenu ou d’un autre objet ; vérifiez l’extension et sa commande documentée. Appuyez de nouveau sur Alt+F9 pour rétablir l’affichage des champs.

Cet inventaire des champs est une vérification préalable utile avant une commande irréversible, mais il ne constitue qu’une partie de l’identification des objets du document.

Le réflexe, lorsqu’une bibliographie s’allume dans un rapport de similitude, est de reformuler les entrées jusqu’à ce qu’elles cessent de correspondre. Laissons de côté la question de savoir si c’est une bonne idée en principe. Regardez seulement ce que le logiciel fait de la modification.

La page de Zotero est directe à propos d’un document actif :

« Manual edits made to the bibliography in Word will be overwritten the next time Zotero refreshes the document. » (Les modifications manuelles apportées à la bibliographie dans Word seront écrasées la prochaine fois que Zotero actualisera le document.)

Et à propos des citations dans le texte, sur la même page : « Manual modifications will prevent Zotero from automatically updating the citation. » (Les modifications manuelles empêcheront Zotero de mettre à jour automatiquement la citation.)

Dans un document qui possède encore des champs actifs, il n’y a donc que deux issues, et aucune n’est celle voulue. Soit la prochaine actualisation annule silencieusement votre modification, soit la modification reste et cette citation est désormais déconnectée de la bibliothèque, ce qui signifie que le prochain changement de style mettra à jour toutes les entrées sauf celle-là. Vous le découvrez au pire moment possible, c’est-à-dire lorsque la revue demande un autre style.

Dans un document aplati, la modification persiste, et l’entrée ne correspond plus parce qu’elle ne suit plus le guide de style, ce qui est un problème d’évaluateur plutôt que de détecteur. Le fait qu’une entrée de référence corresponde est précisément ce qu’un style de citation partagé existe pour produire. Et un outil de réécriture qui atteint la liste de références a été enregistré en train de faire pire encore : il existe un cas filmé, avec l’entrée construite d’abord à la caméra, dans ce qui arrive aux citations, aux tableaux et aux équations.

Le risque est plus faible si l’étape irréversible arrive en dernier et uniquement sur une copie.

1. Créez et conservez un maître de travail. Nommez la copie de livraison séparément avant de retirer quoi que ce soit. EndNote dit explicitement que sa commande crée une nouvelle copie ; les autres pages produit consultées ici ne font pas la même promesse, créez donc la vôtre d’abord.
2. Terminez d’abord le travail de citation. Changements de style, sources ajoutées, numéros de page, préfixes et suffixes. Après l’aplatissement, le gestionnaire ne peut plus rien faire de tout cela.
3. Actualisez une fois avant l’aplatissement, afin que ce qui est figé soit la sortie actuelle du gestionnaire et non quelque chose d’obsolète.
4. Identifiez l’objet et suivez sa voie spécifique. Zotero documente Unlink Citations pour ses citations ; EndNote documente Convert to Plain Text ou Remove Field Codes ; Mendeley Cite documente Remove Content Control. De l’ancien plugin Mendeley, il est dit que Export convertit l’intégralité du document en texte brut ; ne supposez donc pas qu’il préserve des objets actifs sans rapport.
5. Utilisez Alt+F9 pour inventorier les champs avant et après. Il peut révéler les champs TOC, SEQ, REF et de citation, mais pas les signets ni les contrôles de contenu. Ouvrez la copie de livraison et vérifiez sa table des matières, sa numérotation, ses renvois et ses citations plutôt que de déduire le succès d’une apparence inchangée.
6. Gardez la copie aplatie hors du flux de citation modifiable. La réponse de Clarivate à la question de savoir si l’on peut récupérer les codes est de réinsérer les citations ou de revenir à une sauvegarde.

Si tout cela surgit dans une conversation sur les signalements d’IA, c’est parce que les gens exécutent une étape d’aplatissement parce qu’un autre élément du flux exige du texte brut. C’est le mauvais ordre. Si un outil ne peut accepter que du texte collé, l’aplatissement n’est pas une étape de son processus, c’est un coût que vous avez payé avant de commencer.

L’outil HumanPen est le nôtre, considérez donc ceci comme une description et non comme une recommandation. Son moteur de humanisation ne prend actuellement en charge que les documents en anglais. Il prend le document et non du texte collé, et le périmètre est défini par vous : marquez vous-même les passages, ou importez un rapport d’écriture IA de Turnitin ou iThenticate pour que le texte signalé définisse la limite. L’unité est le paragraphe et non la phrase : une sélection qui se termine au milieu d’un paragraphe entraîne le reste de ce paragraphe, et vous approuvez la limite obtenue avant le début du travail. Rien en dehors des paragraphes confirmés n’est touché. La page produit indique qu’il « aims to preserve meaning, structure, terminology, citations, layout, and styles while rewriting only the necessary language » (vise à préserver le sens, la structure, la terminologie, les citations, la mise en page et les styles tout en ne réécrivant que le langage nécessaire), suivi de la consigne de relire les documents complexes après le téléchargement. Les passages éligibles peuvent être relancés gratuitement.

Cela ne supprime pas la vérification. Ouvrez le fichier retourné, appuyez sur Alt+F9 et confirmez que vos champs sont toujours des champs.

Ma bibliographie générée par Zotero augmente-t-elle mon score IA Turnitin ? Non. Le rapport d’écriture IA analyse une prose rédigée en phrases grammaticales standard, et une note de version datée du 9 août 2023 indique que les bibliographies sont exclues lors du traitement du rapport, une nouvelle soumission étant nécessaire pour que cela s’applique à un rapport plus ancien.

Le retrait des codes de champ est-il réversible ? La page de Zotero qualifie son retrait d’irréversible. Clarivate qualifie le retrait des codes de champ EndNote de processus à sens unique et dit que vous devrez réinsérer les citations ou revenir à une sauvegarde. La page d’EndNote dit explicitement que sa commande crée une nouvelle copie. Les pages Zotero et Mendeley consultées ici ne font pas cette même promesse de création de copie ; créez-en donc une vous-même.

Ctrl+Shift+F9 va-t-il casser ma table des matières ? Microsoft documente ce raccourci comme « Unlink a field », tandis que sa référence des codes de champ liste TOC comme un champ ; la consigne d’Elsevier applique le raccourci après avoir sélectionné tout le document. Nous n’avons pas fait de matrice de tests par version de Word : inspectez vos champs et travaillez uniquement sur une copie plutôt que de supposer un résultat limité aux citations.

Pourquoi Mendeley me dit-il de cliquer avec le bouton droit plutôt que d’appuyer sur un raccourci ? Mendeley Cite stocke les citations comme contrôles de contenu et non comme champs ; son étape de suppression vise donc les contrôles de contenu. L’ancien Citation Plugin utilisait des champs et avait à la place une commande Export.

J’ai modifié une entrée directement dans Word et elle est revenue en arrière. C’est un comportement documenté, pas un bogue. La page de Zotero dit que les modifications manuelles de la bibliographie dans Word sont écrasées la prochaine fois que Zotero actualise le document. Corrigez l’élément dans la bibliothèque, ou le style, puis actualisez.

Dois-je aplatir le document avant de l’envoyer à mon directeur ? Seulement si le destinataire ou le flux de soumission l’exige. Envoyez une copie de livraison aplatie et conservez le maître à citations actives, afin que la prochaine série de travail sur les citations reste possible.